| Modelowanie białek |
Komputerowe modelowanie białek jest jedną ze specjalności naszych naukowców realizowaną na najwyższym, światowym poziomie. Nasz zespół posiada duże doświadczenie w modelowaniu, przewidywaniu struktury białek i kompleksów białko-białko oraz analizie sekwencyjnych i strukturalnych baz danych. Oprócz usług w zakresie modelowania oferujemy nasz produkt, oprogramowanie do modelowania białek: Selvita Protein Modeling Platform.Platforma do modelowania białekPlatforma do modelowania białek zawiera zestaw narzędzi do modelowania i przewidywania struktur białek oraz kompleksów białko-białko, sterowany poprzez graficzny interfejs webowy (architektura klient-serwer), łatwy do obsługi zarówno dla zaawansowanych jak i początkujących użytkowników. Aby zapewnić najlepszą możliwą jakość modeli, w Platformie zastosowano unikalną technologię przewidywania struktury o skuteczności lepszej lub porównywalnej do najlepszych rozwiązań. Nasz produkt jest skierowany dla przede wszystkim dla naukowców zajmujących się biologią strukturalną i bioinformatyką, zainteresowanych wykorzystaniem przewidzianych struktur białkowych w projektowaniu leków oraz w badaniu mechanizmów molekularnych z udziałem białek. Czytaj więcej.Projektowanie leków w oparciu o strukturę celuDysponujemy kompletem rozwiązań w zakresie modelowania struktury białek co wraz z możliwością ich integracji z aplikacjami wspomagającymi projektowanie leków pozwala na interpretację oraz ukierunkowanie badań eksperymentalnych. Wykorzystanie najnowszych osiągnięć biologii obliczeniowej pozwala nam na istotne wsparcie naszych partnerów w poszukiwaniach struktury wiodącej w oparciu o przewidzianą strukturę celu biologicznego.Przewidywanie struktury białek i kompleksów białko-białkoWykorzystanie najnowszych i najefektywniejszych rozwiązań oraz nieustannie doskonalona oferta pozwala nam być liderem w modelowaniu białek w skali świata. Nasze unikalne metody modelowania porównawczego pozwalają na otrzymanie dokładnych struktur białek na podstawie nawet bardzo odległego podobieństwa ewolucyjnego. Podstawowe zalety naszej technologii:
Zastosowania modeli białkowychMożliwość zastosowania strukturalnych modeli białkowych zależy ściśle od dokładności uzyskanego modelu. Spodziewaną dokładność modelu można zgrubnie oszacować na podstawie podobieństwa sekwencyjnego modelowanej sekwencji z sekwencją szablonu (szablon to najbardziej podobne sekwencyjnie białko o znanej strukturze, użyte do budowy modelu). Modele o wysokiej rozdzielczości, porównywalne z jakością struktur otrzymanych za pomocą NMR lub krystalografii, można otrzymać na podstawie szablonów wykazujących podobieństwo sekwencji większe niż 50%. Takie dokładne modele mają najszerszy zakres zastosowań. Modele o niskiej dokładności o najbardziej ograniczonych zastosowaniach ale wciąż użyteczne, mogą być uzyskane za pomocą technik modelowania porównawczego w oparciu o podobieństwo sekwencyjne niższe niż 30% lub nawet w wypadku kiedy nie istnieje szablon (modelowanie ab initio).Przykładowe zastosowania modeli białkowych w zależności od dokładności modeli:   Moduł do dokowania białko-białko zintegrowany z Platformą Do Modelowania Białek jest wynikiem
prac badawczych przeprowadzonych w ramach projektu pn. Opracowanie i wdrożenie algorytmu do komputerowego wspomagania projektowania leków metodą wirtualnego screeningu współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka 2007-2013, działanie 1.4-4.1. |